Božidar Jovanović je rođen 18.5.1969. u Prizrenu. U toku osnovnog i srednjeg obrazovanja učestvovao je na tri savezna takmičenja iz matematike i pri tome je osvojio jednu prvu nagradu. Matematički fakultet je upisao 1989. i diplomirao na smeru Teorijska matematika i primene 1993. U toku studija matematike, upisao je i smer Astrofizika na kome je diplomirao 1996. Na Matematičkom fakultetu u Beogradu odbranio je magistarsku tezu Geometrija integrabilnih sistema sa jednostranim vezama 1996. a takođe i doktorsku disertaciju Integrabilni neholonomni sistemi na Lijevim grupama 2000. godine, obe pod rukovodstvom dr Vladimira Dragovića. Oblasti naučnog interesovanja su: integrabilni Hamiltonovi sistemi, geometrijska i neholonomna mehanika, Lijeve grupe i algebre.
Od 1994 stalno je zaposlen na Matematičkom institutu Srpske akademije nauka i umetnosti i od 2010. je u zvanju naučnog savetnika. Član je Upravnog odbora Srpskog društva za mehaniku. Školske 1999/2000 bio je na studijskom boravku na katedri za Diferencijalnu geometriju i primene u okviru Mehaničko-matematičkog fakulteta Moskovskog državnog univerziteta. Zatim, školske 2000/01 i 2001/02, dobija poststdoktorsku poziciju na Matematičkom institutu LMU u Minhenu.
Kao student generacije na smeru Astrofizika, po diplomiranju dobio je nagradu Zaharije Brkić. Na 21. Jugoslovenskom kongresu mehanike, održanom u Nišu 1995, dobio je nagradu Rastko Stojanović za najbolji samostalni rad autora do 35-te godine na temu Hamiltonov formalizam mehaničkih sistema sa jednostranim vezama. Na 12. Srpskom matematičkom kongresu održanom 2008. u Novom Sadu je dobio Nagradu za dostignuća u matematičkim naukama, Društva matematičara Srbije, za period od prethodnog Kongeresa, održanog 2004. godine u Petrovcu.
Publikovao je oko četrdeset naučnih radova u istaknutim naučnim časopisima. Njegovom naučnom usavršavanju doprineo je zajednički rad sa Vladimirom Dragovićem, Milenom Radnović i Borislavom Gajićem u okviru seminara Matematički metodi mehanike na Matematičkom institutu SANU, kao i saradnja sa istaknutim ruskim matematičarima u oblasti integrabilnih dinamičkih sistema Aleksejem V. Bolsinovim (Loughborough University, Engleska) i Jurijem N. Fjodorovim (Politehnički univerzitet, Barselona). Od nedavno ostvaruje saradnju i sa Vladimirom Jovanovićem sa Univerziteta u Banja Luci.